兼营免税项目和应税服务如何判定准予抵扣的进项税额？

问：某公司注册地在××保税区，从事区内贸易免征增值税业务，也从事“营改增”应税服务缴纳增值税业务，属于兼营情况。该公司目前的经营模式主要是区内贸易，从境外的关联企业采购原材料并卖给保税区内的国内第三方客户，全程以美金结算，不涉及原材料采购的增值税进项。

从开始“营改增”后，对和该公司营运相关的涉及“营改增”的服务，如咨询、会议费等进行了进项认证并抵扣。

由于一次税务预警，税务机关看到该公司的纳税申报资料后，要求该公司将所有进项税额做进项税税额转出处理，理由是保税区内贸易属于免征增值税项目。进项税额不得从销项税额中抵扣。

请问区内企业所有的“营改增”的服务是否能抵扣进项税额，是否要作进项税转出处理？税务机关要求进项税转出理由是否充分？

答：《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第二条规定，原增值税纳税人（指按照《增值税暂行条例》缴纳增值税的纳税人）有关政策

（一）进项税额。

1.原增值税一般纳税人接受试点纳税人提供的应税服务，取得的增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，准予从销项税额中抵扣。

……

5.原增值税一般纳税人接受试点纳税人提供的应税服务，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

（1）用于简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费，其中涉及的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，仅指专用于上述项目的专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁。

财税〔2013〕106号文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

（1）用于简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务。其中涉及的固定资产、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，仅指专用于上述项目的固定资产、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁。

第二十六条规定，适用一般计税方法的纳税人，兼营简易计税方法计税项目、非增值税应税劳务、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：

主管税务机关可以按照上述公式依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。

根据上述规定，企业兼营免征增值税项目、应税服务。用于免征增值税项目的进项税额不能抵扣，用于应税项目的进项税额准予抵扣。其中，对于混用的固定资产、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁的进项税额准予抵扣。

企业需划分用于免税项目、应税项目的进项税额，对于无法划分不得抵扣进项税额的，应按销售额的比例进行划分（见上述公式），主管税务机关可按照上述公式依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。