对于很多软件工程师和软件企业的管理人来讲，完成软件的开发后立即向版权保护中心进行登记已经成为很普遍的做法，但是对于通过申请深圳专利的方法来保护软件则都比较陌生。事实上，中国对于深圳专利的保护起步较晚，立法的进程大多借鉴西方的深圳专利法规，而软件产业的蓬勃发展则更是近些年的事情，因此软件的专利保护无论是理论还是实践，即使在专业领域内仍没有达到普及的程度。吴国平律师在向软件企业介绍软件的专利保护模式时，经常会被问及一些有关的问题，现将有代表性的问题整理出来，希望对诸位软件工程师及软件企业的管理人员有所帮助。
一、软件著作权和软件专利权两种模式的保护期限没有实质区别。
根据《中华人民共和国著作权法》第21条的规定，软件作品的权利保护期是50年，而根据《中华人民共和国专利法》第42条的规定，软件专利权的期限是20年。两者相比较，仅从保护期限上讲，著作权法无疑更有优势。实践中，因为软件产品的更新换代极快， 所以过长的保护期基本没有任何意义，而且软件完成开发后，一个月内即可取得国家版权保护中心的登记证书，而专利权的最终确认则需要一年多的时间。所以对于已经获批专利的软件作品来讲，该软件产品同时受著作权和专利权的保护。综上，对于已经取得专利权的软件作品来讲，两者的保护期限并没有实质的区别。
二、软件著作权与专利权维权的难度不同
权利人的软件作品在被其他人抄袭后，在著作权的诉讼之中需要举证证明侵权人的软件存在侵权事实，即民事诉讼法64条规定的“谁主张，谁举证”。由于侵权产品在侵权人企业内部完成，隐蔽性强并绝大多数掌握在侵权人手中，这将给权利人证据的收集和保存带来难度。在无法直接取得被告方软件源代码的情况下，权利人只能通过法院委托鉴定机构对软件进行对比，该过程中权利人的软件源代码可能会因为鉴定的要求而部分公开，而提交源代码总是很多公司管理人心惊胆颤的事情。因此通过著作权法规来保护软件存在一定的举证难度。
而对于专利法来讲，权利人则没有这种举证责任，专利法第57条规定：“专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明”。此时在专利侵权案件中的被告应负责举证，即他须证明他采用方法专利以外的方法制造出了与方法专利产品完全相同的产品，否则无相反证据，则未经专利所有人许可而制造的任何相同产品，均应视为使用该专利方法而获得。
三、著作权与专利权的国际保护不同
对于跨国销售软件作品的企业来讲，著作权的软件保护无疑可以更好的适应计算机软件的国际化。随着信息全球化趋势的加快，计算机软件的保护也日渐呈现出其国际化的特点。世界各国逐步建立了跨国的著作权制度，例如《保护文学艺术作品伯尔尼公约》、《世界版权公约》等国际条约。因此，计算机软件比较容易获得国际化的著作权保护。
比较之下，软件的专利保护则无法向软件直接提供国际化的保护。专利法在各国的实施工程中，普遍实施的是申请原则，而且具有地域性的特点。在《保护工业产权巴黎公约》中就要求在某一成员国取得的专利权，若想在另一成员国内受到保护，则必须另行提出专利申请。因此，软件专利的国际化保护多有不便。
四、著作权法不能保护软件的思想和功能
计算机软件不仅具有作品性，更具有功能性，而其功能性才是软件最具价值的部分，但著作权法中软件的表现形式是软件的源代码和说明文档，著作权所保护的仅仅是源代码及说明文档不被他人抄袭或非法使用，而不保护软件的构思、设计方案和功能。
著作权法的保护范围某种程度上无法实现对软件的全面保护，在软件权利人所应有的权利范围中出现了空白的区域，比如体现在软件中的独特构思和技术方案无法获得独占性、排他性的权利。因此在很多情况下，许多软件开发者通过不同种语言编译而利用了他人软件中体现出的思想、创意、原理、算法和数学方法等，独立开发出“表现”形式不同的软件，从而避免了侵权。
专利法能够为软件最有价值、最核心的思想及功能提供保护，按照专利法的保护模式，申请专利人需要书面明确具体要求的权利，并且清楚、完整、准确地说明该技术方案的程序流程图，权利要求及说明书是专利权人获得专利保护的范围依据，同时也是被授予专利的依据。在将构思融入其表现出的“功能”上的时候，软件就可以成为专利法所保护的对象，可以说专利法是在较高层次上为软件提供保护。
